Epistemología genómica de la infección por el virus SARS COV-2 en pacientes internados, durante los meses de junio a septiembre del 2022, en la provincia de Corrientes

Abstract

Desde el inicio de la pandemia ocasionada por el virus SARS CoV-2 se ha reportado a nivel mundial la aparición de nuevas variantes genómicas que poseen mayor transmisibilidad y letalidad. La secuenciación genómica ha sido una herramienta esencial para una mejor comprensión de los patrones de dispersión viral. El objetivo del presente trabajo fue determinar las variantes genómicas del virus SARS CoV-2 en muestras de pacientes internados, durante los meses de junio a septiembre del 2022. Para ello, se estudiaron 39 muestras de hisopado nasofaríngeo detectables para SARS CoV-2. Las muestras clínicas se procesaron para realizar secuenciación parcial de la proteína Spike, mediante la reacción de Sanger y posterior electroforesis capilar en el Analizador genético ABI 3500. El análisis bioinformático de los datos se llevó a cabo mediante el uso de los software SeqScape y Alliview. Con este trabajo se pudo determinar que la única variante circulante en pacientes internados en el periodo analizado fue ómicron, con predominancia del linaje BA.4/BA.5.

Since the beginning of the pandemic caused by the SARS CoV-2 virus, the appearance of new genomic variants that have greater transmissibility and lethality has been reported worldwide. Genomic sequencing has been an essential tool for a better understanding of viral dispersal patterns. The objective of this study was to determine the genomic variants of the SARS CoV-2 virus in samples from hospitalized patients, during the months of June to September 2022. To do this, 39 nasopharyngeal swab samples detectable for SARS CoV-2 were studied. The clinical samples were processed to perform partial sequencing of the Spike protein, through the Sanger reaction and subsequent capillary electrophoresis in the ABI 3500 Genetic Analyzer. Bioinformatic analysis of the data was carried out using SeqScape and Alliview software. With this work it was possible to determine that the only clrculating variant in hospitalized patients in the analyzed period was ómicron, with predomlnance of the BA.4/BA.5 lineage.