Pandemia de Covid-19. Experiencia del Laboratorio de Medicina Genómica en la detección de genes del virus Sars-Cov-2 en muestras respiratorias

Abstract

La reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa en tiempo real (Real Time RT-PCR) es el ensayo más sensible y especifico para la detección del SARS-CoV-2, los genes ORFlab, RdRp, E, N y S son los objetivos más utilizados. La sensibilidad y capacidad de detección del SARS-CoV-2 varia dependiendo del gen amplificado. El objetivo de este estudio es comparar la capacidad de detección de 3 de los genes diana más utilizados en el diagnóstico de COVID-19. Para ello, se estudiaron 1043 muestras de hisopados nasofaríngeos, de las cuales se extrajo el material genético, por medio de columnas comerciales. A partir del ARN extraído se realizó una RT-qPCR para el gen E, para la detección del SARS-CoV-2 y RNAsa P como control interno. Del total de muestras positivas se seleccionaron de manera aleatoria 20 muestras para realizar una RT-qPCR multiplex, para gen N y Orf 1ab para su estudio comparativo. Del total de muestras testeadas, 54 muestras (5.7%) fueron positivas para el gen E. De la subpoblación analizada, el 65% fueron positivas simultáneamente para los 3 genes evaluados, el 75% para los genes E y N, el 65 % para los genes E y Orf 1ab y en un 25% únicamente se detectó el gen E. Entre las muestras con amplificación de los 3 genes diana, encontramos que los valores de CT para el gen E eran significativamente más bajos que los valores de CT para los genes Orf 1ab y N. Con este trabajo se pudo evaluar la capacidad de detección de 3 genes dianas en el diagnóstico de COVID-19 por RT- qPCR. En particular, nuestro estudio se realizó utilizando solo un pequeño número de muestras clínicas y, por lo tanto, para un mejor análisis estadístico, sería necesario aumentar el número de las mismas.

The real-time transcription polymerase chain reaction (Real Tíme RT-PCR) is the most sensitive and specific assayforthe detection of SARS-CoV-2. ORFlab, RdRp, E, N and S genes are the most commonly used targets. The different sensitivity and detection capability of SARS-CoV-2 lies within the amplified gene. So, the objective of this study was to compare the detection capability of 3 ofthe most commonly used target genes in the diagnosis of COVID-19. 1043 samples of nasopharyngeal swabs were studied, from which the genetic material was ex- tracted, by commercial columns. From the extracted RNA, an RT-qPCR was performed for the E gene, positive samples for -SARS-CoV-2 and RNAsa P as an internal control. Ofthe total of positive samples, 20 samples were randomly selected to perform a multiplex RT-qPCR, for genes N and Orf 1ab in orderto compare them. Ofthe to- tal samples tested, 54 samples (5.7%) were positive for the gene E. Of the subpopulation analyzed, 65% were positive simultaneously for the 3 genes evaluated, 75% for the E and N genes, 65% for the E and Orf 1ab genes and in 25% only the E gene was detected. Among the samples with amplification ofthe 3 target genes, we found that the CT valúes for the E gene were significantly lower than the CT valúes for the Orf 1ab and N genes. With this work, it was possible to evalúate the detection capacity of 3 target genes in the diagnosis of COVID-19 by RT-PCR. In particular, our study was conducted using only a small number of clínical samples and therefore for better statistical analysis it would be necessary to increase the number of them.