Diversidad y distribución cromosómica de retroelementos no-LTR en especies de Arachis (Leguminosae) con genoma A

Abstract

Los retroelementos forman parte del ADN repetitivo y juegan un papel importante tanto en la evolución como en la estructura de los genomas de las plantas. La sección Arachis está formada por 31 especies agrupadas en cinco genomas (A, B, D, F y K), con 29 especies diploides silvestres y 2 especies alotetraploides. A pesar de que existe una colinearidad conservada de diferentes marcadores moleculares entre las especies de Arachis con diferentes genomas, análisis de GISH sugieren una gran divergencia a nivel de secuencia. Sobre estas bases, se ha planteado la hipótesis de que la fracción repetitiva de ADN puede haber impulsado o participado en la diferenciación del genoma de Arachis. Considerando estos antecedentes, y como primer paso para poner a prueba esta hipótesis, se analizó la diversidad de un grupo de LINEs (retroelementos no-LTR) en 3 especies de la sección Arachis que pertenecen al genoma A (A. duranensis, A. helodes y A. cardenasii). Para este propósito, se aislaron por PCR 15 secuencias de la región conservada del gen de la transcriptasa reversa a partir de ADN genómico de las 3 especies utilizando oligonucleótidos degenerados. Las secuencias amplificadas mostraron un 81% de variabilidad nucleotídica y codones de stop en el 40% de las secuencias alineadas. Sin embargo, tenían una alta homología a nivel de aminoácidos. Estas secuencias también mostraron una alta homología con los motivos aminoacídicos de la transcriptasa reversa con LINEs presentes en otras angiospermas y gimnospermas. A pesar de la amplia distribución de estos elementos en diferentes grupos de plantas, el dendograma Neighbor- Joining reveló que las secuencias de Arachis forman un único grupo, aunque se observaron subclusters no específicos de especie. Esta agrupación sugiere que la diversificación de los elementos presentes en Arachis tuvo lugar antes del origen del genoma A. La hibridación in situ fluorescente reveló un patrón de señales débiles y dispersas en la mayor parte de los cromosomas de las tres especies analizadas, lo que sugiere que a pesar de que estos elementos son ubicuos, tienen una baja representación en el genoma A.